La storia della Heineken inizia il 16 dicembre 1863 quando Gerard Adriaan Heineken, giovane ventiduenne, comprò la fabbrica di birra De Hooiberg alla Nieuwezijds Voorburgwal fondata nel 1592 ad Amsterdam.
A quei tempi era la più grande brasserie della capitale ma dato il grande incremento delle vendite essa risultò subito piccola e così nel 1867 iniziarono i lavori di costruzione di un nuovo stabilimento alla Stadhouderskade, appena fuori i canali.
Già da giovane, Gerard Adriaan Heineken era molto aperto ai cambiamenti e agli sviluppi nel mondo della fabbricazione della birra; sempre in viaggio per l'Europa alla ricerca delle migliori materie prime fu lui ad introdurre la lievitatura di fondo mentre un apposito laboratorio, eccezionale per quei tempi, vegliava sulla qualità delle materie prime e del prodotto finale.
Le ricerche innovatrici erano svolte anche nel campo della coltivazione del lievito tanto che nel 1896, il dottor Elion, della scuola di Louis Pasteur, sviluppò il cosiddetto 'lievito-A' che ancora oggi forma la base del tipico sapore della birra Heineken.
In seguito le redini dell'azienda passarono nelle mani del dott. Henry Pierre Heineken, figlio di G.A. Heineken e l'azienda subì ulteriori espansioni. Il perfezionamento delle tecniche di fabbricazione della birra era lo scopo della sua esistenza e come nessun altro egli era convinto che un prodotto di alta e costante qualità fosse sempre un prodotto vincente.
La stessa politica di gestione venne poi seguita da Alfred H. Heineken che a partire dagli anni cinquanta ha gettato le basi per la creazione di una struttura internazionale e la formazione del gruppo Heineken ed ha fatto sì che la birra Heineken diventasse famosa in tutto il mondo e avesse una propria identità.
Un volta Alfred H. Heineken disse: 'Una bottiglia, anche piccola, di cattiva birra Heineken la considero un'offesa personale!'.
Il controllo di qualità è infatti al primo posto alla Heineken: ogni fabbrica dispone di un proprio servizio di controllo ed un apposito laboratorio verifica la qualità della birra in tutto il mondo. Grazie a questa filosofia è divenuta la birra più richiesta in Olanda e la più esportata nel mondo: basti pensare che attualmente è venduta in 170 Paesi partendo dal porto di Rotterdam con grandi navi portacontainers.
La Heineken è anche molto legata al suo passato: ad esempio ancora oggi possiede i tipici cavalli da trasporto, i maestosi Shires, sempre presenti nelle stalle della fabbrica; quotidianamente fanno ancora il giro di Amsterdam tirando il vecchio carro Heineken e la loro presenza è richiesta in numerose manifestazioni.
Nell'abitazione della famiglia Heineken, ad Amsterdam, dimora tuttora la sede centrale del Gruppo ed ogni anno, nell'ex fabbrica di birra, circa 150.000 visitatori si godono l'eccellente qualità e la cordiale ospitalità che contraddistinguono la birra Heineken.